それぞれ別個の建物として登記されている数個の建物を一個の建物とする場合には、建物合併登記（たてものがっぺいとうき）を申請します。
原則として所有者は自由に建物合併登記を申請できますが、幾つか制限事項があります。
建物の合併の登記は、建物の現状には何らの変更も加えることなく、登記上の数個の建物を一個の建物にする登記で、建物分割の登記と同様に所有者の意思に基づいて申請することができます（申請義務はありません）。
ただし、合併しようとする建物が、主たる建物と附属建物の関係にないときや、双方の建物の所有者が違う場合には、合併は認められません。
建物の合併は、所有者が自由に申請できるのが原則ですが、合併することによって登記の原則を阻害することになる場合には合併が制限されているのです。
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